调控蛋白与非编码DNA结合，这个非编码DNA要么接近于某个启动子上的一个基因的mRNA转录启动点，要么远离它、而存在于染色体上的一个增强子上。增强子通过帮助将RNA聚合酶吸引到启动子来发挥作用。现在，对超过1万个增强子（它们对神经元中的电活动产生响应）所做的一项全基因组测序研究表明，调控过程也将聚合酶带给增强子本身，在此它们转录非编码RNA。

这种“增强子RNA”（eRNA）合成现象只发生在积极促使从一个启动子来合成mRNA的增强子上。这些结果表明，至少在大脑中，增强子在调控基因表达中所起的“类似启动子的”作用要比人们以前所认为的更积极。