iPS细胞（诱导多能干细胞）在多大程度上相当于胚胎干细胞（ES细胞）是一个并没有惟一答案的问题。一些研究报告称，与ES细胞相比，数百个基因在iPS细胞中异常表达，而iPS细胞能够通过四倍体胚胎互补生成全为iPS细胞的小鼠来满足关于发育潜力的最为严格的测试之一。

为了用最少量的涉及因子来回答这一问题，Stadtfeld等人对在遗传上相同的小鼠ES 和 iPS细胞中的基因表达进行了比较。他们发现，mRNA 和 microRNA总体表达模式是无法区分的，少数转录体和少于20个由12qF1染色体上一个印记基因簇编码的microRNA除外。iPS细胞的发育潜力取决于基因在这个点上是被关闭（沉默）还是处于活跃状态。