防止自交的主要机制是自交不亲和性识别体系，它由雄性和雌性特异性基因及修饰基因组成。

据预测，由花粉和种子传播的雄性基因的突变相对于雌性基因的突变体会居支配地位。这个预测被对从欧洲各地获得的以自交为主的拟南芥的DNA序列所做比较证实。在95%的这些序列中，在雄性特异性基因(SCR)或一个衍生物中有一个破坏性的213-碱基对倒位。自交不亲和性通过将这种重新排列恢复到其原始取向而得以恢复。